东京大学医学部附属医院起源于江户时代末期在现在东京开设的首家种痘所(牛痘接种所)，150多年来一直引领着日本医学和医疗事业的发展。医院职工人数3,888名（专职2,554名，兼职1,334名，截至2013年度初），病床位1,217张（一般病房1,163张，精神病房54张，截至2012年度底）。

2012年度的住院患者人数392,200人（日均1,075人），门诊量754,372人（日均3,079人），外科手术10,752例，分娩数855例，急救患者18,505例，是集医疗、教学、科研于一体的日本屈指可数的大型综合性医院。

医院的临床医学研究和尖端医疗技术开发受到日本国内各界的广泛关注。医院计划于2018年度建成具备最先进研究功能的东大医院临床研究中心，作为世界顶级的临床医学研究基地继续开展科研活动。